1、盈利目的不同。

企業(yè)單位：是指以盈利為目的生產(chǎn)性單位，國(guó)企就是屬國(guó)家所有的企業(yè)單位。國(guó)有企業(yè)，是指國(guó)家對(duì)其資本擁有所有權(quán)或者控制權(quán)，政府的意志和利益決定了國(guó)有企業(yè)的行為。國(guó)有企業(yè)是國(guó)民經(jīng)濟(jì)發(fā)展的中堅(jiān)力量，是中國(guó)特色社會(huì)主義的支柱。

事業(yè)單位：是指不以盈利為目的，由國(guó)家行政機(jī)關(guān)舉辦，受?chē)?guó)家行政機(jī)關(guān)領(lǐng)導(dǎo)，沒(méi)有生產(chǎn)收入、所需經(jīng)費(fèi)由公共財(cái)政支出、不實(shí)行經(jīng)濟(jì)核算、主要提供教育、科技、文化、衛(wèi)生等活動(dòng)非物質(zhì)生產(chǎn)和勞務(wù)服務(wù)的社會(huì)公共組織，事業(yè)單位接受政府領(lǐng)導(dǎo)，是表現(xiàn)形式為組織或機(jī)構(gòu)的法人實(shí)體。

2、績(jī)效工資來(lái)源不同：

企業(yè)績(jī)效工資完全取決于企業(yè)盈利情況，根據(jù)企業(yè)的薪酬戰(zhàn)略及績(jī)效考核結(jié)果進(jìn)行發(fā)放。

事業(yè)單位根據(jù)單位不同類(lèi)別，其績(jī)效工資的經(jīng)費(fèi)來(lái)源和保障有所不同，義務(wù)教育中小學(xué)績(jī)效工資經(jīng)費(fèi)來(lái)源主要由縣級(jí)財(cái)政保障，省級(jí)財(cái)政統(tǒng)籌，中央財(cái)政對(duì)中西部及東部部分財(cái)力薄弱地區(qū)給予適當(dāng)補(bǔ)助。